Etymologiquement, le terme signifie "science du mouvement", a été inventée dans les années 1960 par le Docteur Goodheart, chiropracteur américain.

Il s'est intéressé aux connaissances ancestrales de la Médecine traditionnelle chinoise, qui dressait une carte des flux d'énergie à travers le corps, les méridiens d'acupuncture.

En accompagnant ses patients, il a constaté qu'un manque de tonicité d'un muscle était souvent lié à un organe stressé, correspondant à un méridien énergétique perturbé.

La kinésiologie appliquée est réservée au corps médical.

Dans les années 1970, le Docteur John Thie simplifie et rend accessible au plus grand nombre sa méthode de kinésiologie Touch For Health (TFH) ou Santé par le Toucher.  Celle-ci considère l'individu dans sa globalité, en tenant compte des aspects structurels, biochimiques et psychologiques. Les tests musculaires sont utilisés pour identifier les blocages énergétiques (faiblesses musculaires) et les techniques de rééquilibrage.

Dans le même temps, Paul Dennison, Docteur en Sciences de l'éducation, mène des recherches sur la lecture et le développement cognitif, qui mettront en évidence le lien entre l'apprentissage et l'éducation à travers les mouvements. Avec sa femme Gail, ils créent l'Éducation kinésthésique, qui vise à faciliter l'acquisition de nouvelles compétences et à améliorer les performances cognitives et physiques. Le Brain Gym est un ensemble de mouvements faciles et ludiques permettant une amélioration des capacités à apprendre.

Une des découvertes récentes la plus importante en Neurosciences, la plasticité neuronale, neuroplasticité ou encore plasticité cérébrale, décrit les mécanismes par lesquels le cerveau est capable de se modifier lors des processus de neurogenèse (production de nouveaux neurones) de la phase embryonnaire, lors d'apprentissage, lors de traumas, lors de lésions ou de maladies à l'âge adulte.

Le cerveau a la capacité de créer, de défaire ou de réorganiser des réseaux de neurones et les connexions de ces neurones, afin de renforcer un apprentissage, de modifier ou de "réparer" un traumatisme émotionnel, de détourner une lésion, de préserver et de réactiver un réseau existant non stimulé via la mémoire.